La domesticación de perros y gatos (los dos animales de compañía más populares de hoy) fue un poco diferente a la de los animales de corral. Y aunque Darwin comenzó la Variación con una discusión sobre el perro y el gato, los dos difícilmente podrían ser más diferentes entre sí (o de los domesticados contemporáneos de corral) en cuanto a temperamento, utilidad y origen evolutivo. Los animales de granja eran artículos alimenticios ("despensa ambulante") introducidos en la esfera humana en el punto de transición de la caza-recolección a la agricultura. Los perros, los primeros domesticados, demostraron ser útiles como guardias y cazadores para los cazadores-recolectores, y quizás ofrecieron la experiencia necesaria para la posterior domesticación de otras especies. Por el contrario, los gatos domésticos surgieron mucho más tarde (≈10,000 BP), después de que los humanos construyeran casas, granjas y asentamientos. La preponderancia de la evidencia molecular apunta al origen de perros a partir del lobo, Canis lupus.
Perros
Los hallazgos moleculares también están respaldados por una gran cantidad de evidencia arqueológica que implica al Cercano Oriente como un probable lugar de domesticación definitiva (aunque la domesticación de perros puede haber comenzado en Europa Central ya en el Paleolítico Superior Tardío). La domesticación del lobo se ve como el resultado de 2 procesos entrelazados que se originaron hace >14,000 años durante nuestro período nómada de cazadores-recolectores. Primero, un grupo fundador de lobos menos temerosos habría sido atraído hacia campamentos nómadas para buscar comida o tal vez rescatar a los escapados heridos de la caza. A partir de entonces, estos lobos pueden haber encontrado utilidad como centinelas, advirtiendo a los invasores humanos y animales que se acercan por la noche. Gradualmente, la selección natural y los cambios genéticos derivados de las actividades humanas, comenzaron a diferenciar a estos lobos de la población autónoma más grande. Una vez que las personas tuvieron una interacción directa con los lobos, un "proceso cultural" posterior habría comenzado. Los cachorros de lobo "preseleccionados" y tomados como mascotas habrían sido socializados con los humanos y seleccionados inconscientemente e involuntariamente para disminuir el comportamiento salvaje y aumentar la sociabilidad, dos marcas registradas de mansedumbre. Finalmente, la gente estableció el control sobre el apareamiento de proto-perros.
A partir de ese momento, el lobo en efecto se convirtió en un perro, bajo observación constante y sujeto a una fuerte selección artificial para los rasgos deseados. La selección de la domesticación implica cambios morfológicos y fisiológicos a través de los polígonos que rigen los procesos y los patrones de desarrollo, y estos proporcionan el grano para el molino de nuevas iteraciones de selección.
Para la domesticación del lobo, las fases de la selección natural y artificial se mezclan una con la otra, y se convierten en el "mejor amigo del hombre" con conductas obedientes y adorables. Aunque los perros han sido apreciados como compañeros domésticos durante miles de años, la amplia variación fenotípica de las razas modernas de perros comenzó más recientemente (3,000–4,000 BP), lo que llevó a ≈400 las razas reconocidas hoy por las Asociaciones de criadores de perros.
Gatos
La domesticación de los gatos tomó una trayectoria diferente. Los gatos monteses son candidatos improbables para la domesticación. Como todos los felinos, los gatos monteses son carnívoros obligados, lo que significa que tienen una capacidad metabólica limitada para digerir cualquier cosa excepto las proteínas. Los gatos viven una existencia solitaria y defienden territorios exclusivos (haciéndolos más apegados a los lugares que a las personas). Además, los gatos no realizan tareas dirigidas y su utilidad real es discutible, incluso con ratones. (En este último papel, los perros terrier y el hurón -un turón domesticado- son más adecuados).
Por consiguiente, hay pocas razones para creer que una comunidad agrícola temprana hubiera buscado y seleccionado activamente al gato montés como mascota doméstica. Más bien, la mejor inferencia es que los gatos monteses que explotan los entornos humanos simplemente fueron tolerados por las personas y, con el tiempo y el espacio, se separaron gradualmente de sus parientes "salvajes". Por lo tanto, mientras que la adaptación en animales de corral y perros al dominio humano fue impulsada en gran medida por la selección artificial, el gato doméstico original fue un producto de la selección natural.
